陳玲玲教授近些年來一直從事作物及植物病原微生物的組學數據分析及生物信息學研究工作，具體包括植物及微生物基因組組裝注釋、轉錄組分析、代謝及蛋白質相互作用網絡構建等研究方向，開發了植物單鏈導向RNA設計工具CRISPR-P等生物信息分析工具，作為生物信息負責人解析了多種農作物及園藝基因組，構建了多種作物及病原菌的代謝網絡和蛋白相互作用網絡，以及植物自然反義轉錄本和多種作物基因組數據庫，以共同第一作者在Nat. Genetics發表論文一篇，PNAS論文一篇，以通訊作者（含共同）發表Nat. Commun.論文一篇，Nucleic Acids Res.論文二篇，Mol. Plant論文三篇，Plant J.論文一篇，共發表SCI論文60余篇，其中近五年38篇（第一及通訊作者22篇），所發表論文被引用1300余次。應邀擔任國際刊物Current Bioinformatics和Journal of Agricultural Engineering and Biotechnology (JAEB)編委，多次為Mol. Plant,PlantJ.,J. Mol. Evol.,BMC Genomics,Genetics,Gene,《遺傳》、《生物化學與生物物理進展》等國內外知名刊物審稿。申請人2018年獲國務院政府特殊津貼，先后榮獲中組部萬人計劃科技創新領軍人才、科技部中青年科技創新領軍人才、教育部新世紀優秀人才、湖北省杰出青年等榮譽稱號。所取得的學術成績主要體現在以下幾個方面：

1．作為生物信息負責人參與多種作物基因組解析，包括甜橙、水稻、玉米等，負責基因組的組裝注釋、轉錄組分析、重測序數據分析及生物信息平臺構建工作。甜橙基因組是世界范圍內解析的第一例蕓香科植物基因組圖譜，約有三萬個蛋白編碼基因。分析發現甜橙中約有一半基因處于雜合狀態，并有顯著的橘和柚遺傳特征，在此基礎上提出了甜橙起源是以柚為母本、橘為父本的二次雜交品種。通過基因組比較及基因表達數據分析，發現了在甜橙果實內大量合成維生素C的關鍵基因，相關文章發表于國際頂級期刊Nature Genetics（2013, 45: 59-66，共同第一作者），申請人負責基因組注釋、轉錄組分析、重測序數據分析、生物信息平臺構建及論文寫作及修改。Nature Genetics專門配發評論，該成果被科學網、生物谷、中國教育和科研計算機網、南湖新聞網等多家媒體報導，論文被他引180次，是Web of Science的高被引論文。

2.開發了多個植物生物信息工具及數據庫，包括植物單鏈導向RNA（sgRNA）設計工具CRISPR-P，植物自然反義轉錄本NAT等數據庫。CRISPR/Cas9系統是目前最為廣泛使用的基因組編輯系統，候選人課題組2014年率先開發了適用于26種植物的單鏈導向RNA設計工具CRISPR-P（Mol. Plant,2014, 7: 1494-1496，唯一通訊作者），可以針對多個基因設計sgRNA，預測打靶效率及可能的脫靶位置，并提供sgRNA的酶切位點信息，CRISPR-P文章發表后得到了相關研究者的廣泛關注。2017年我們將軟件做了以下改進：（1）優化了打靶和脫靶效率的打分系統；（2）包含近幾年開發的多種CRISPR-Cas 系統核酸酶及CRISPR-Cpf1系統；（3）包含更多條件的篩選如GC含量、限制性酶切位點的選擇及sgRNA的二級結構等；（4）用戶上傳基因序列尋找sgRNA；（5）增加到52種植物基因組。相關文章發表于國際著名期刊Mol. Plant（2017, 10:530-532，共同通訊作者），網站訪問量超過150萬次。鑒于以上學術積累，申請人與合作者發表綜述文章，闡述近幾年來CRISPR/Cas9系統的最新研究進展，探討了該技術在植物基因組編輯中的廣泛應用（Front. Plant Sci., 2016, 7: 703）。課題組構建了植物NATs數據庫PlantNATsDB，開發生物信息學方法預測了69種植物的200多萬對NATs, 并整合高通量sRNAs測序數據和功能注釋來探索這些NATs的潛在生物學功能。為深入解析非編碼RNA的功能奠定了基礎，相關文章發表在Nucleic Acids Res. 2012, 40: D1187-1193。另外還構建了柑橘數據庫CAP（http://citrus.hzau.edu.cn），水稻多組學生物信息平臺RIGW（http://rice.hzau.edu.cn），可檢索基因組、轉錄組、蛋白質-蛋白質互作、代謝網絡、代謝物等多組學數據，提供了CRISPR、序列比對、同源基因及功能富集等生物信息工具。RIGW通過直觀的網絡界面，為水稻研究者提供了豐富的基因組和其它組學數據，相關文章發表在植物學權威刊Mol. Plant上（2018, 11: 505-507，共同通訊作者）。

3. 構建了多種植物病原菌的代謝網絡和蛋白相互作用網絡、組裝注釋、比較基因組分析及初步系統生物學分析。針對已測序植物致病細菌注釋信息中存在的問題，對它們進行了重新注釋，為研究者提供了更為精確的注釋信息，進一步對部分植物病原菌的重新注釋信息進行了實驗驗證。針對宿主范圍廣、危害大、缺乏專用殺菌劑的胡蘿卜軟腐果膠桿菌，課題組采用同源基因映射的方法，結合基因組數據、已有注釋及重新注釋信息、實驗數據以及文獻檢索，構建了胡蘿卜軟腐果膠桿菌胡蘿卜亞種PC1菌株的全基因組代謝網絡模型。該模型基本涵蓋了細胞必需的代謝途徑。進一步對代謝網絡中的毒力因子代謝情況進行分析，篩選了必需基因及潛在的殺菌劑靶標。此外還預測了模型的合成致死基因對，為尋找多靶標組合殺菌劑奠定了基礎（FEBS Lett. , 2015, 589: 285-94）。

近些年發表的代表性論文：

1.Sun J, Liu H, Liu J, Cheng S, Peng Y, Zhang Q, Yan J, Liu HJ*,Chen LL*.CRISPR-Local: a local single-guide RNA (sgRNA) design tool for non-reference plant genomes.Bioinformatics, bty970,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty970

2.Song JM, Lei Y, Shu CC, Ding Y, Xing F, Liu H, Wang J, Xie W, Zhang J,Chen LL*. Rice Information GateWay: a comprehensive boinformatics platform for indica rice genomes.Mol Plant, 2018, 11(3):505-507.

3.Liu H, Ding Y, Zhou Y, Jin W, Xie K*,Chen LL*.CRISPR-P 2.0: an improved CRISPR-Cas9 tool for genome editing in plants.Mol Plant, 2017, 10(3):530-532.

4.Zhang J#,Chen LL#, Sun S, et al. Building two indica rice reference genomes with PacBio long-read and Illumina paired-end sequencing data.Sci Data, 2016, 3:160076.#Co-firstauthors.

5.Zhang J#,Chen LL#, Xing F#, et al. Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63.ProcNatl Acad Sci U S A, 2016, 113(35): E5163-71.#Co-firstauthors.

6.Ding Y, Li H,Chen LL*, Xie K*. Recent advances in genome editing using CRISPR/Cas9.Front Plant Sci., 2016, 7:703.

7.Guo J, Zhang H, Wang C, Chang JW,Chen LL*. Construction and analysis of a genome-scale metabolic network forBacillus licheniformisWX-02.Res Microbiol., 2016, 167(4): 282-9.

8.Guo J, Cheng G, Gou XY, Xing F, Li S, Han YC, Wang L, Song JM, Shu CC, Chen SW*,Chen LL*. Comprehensive transcriptome and improved genome annotation ofBacillus licheniformisWX-02.FEBS Lett., 2015, 589(18): 2372-81.

9.Wang C, Deng ZL, Xie ZM, Chu XY, Chang JW, Kong DX, Li BJ, Zhang HY,Chen LL*. Construction of a genome-scale metabolic network of the plant pathogenPectobacterium carotovorumprovides new strategies for bactericide discovery.FEBS Lett., 2015, 589(3): 285-94.

10.Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*,Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes.Nucleic Acids Res.,2014, 42(5): 3028-43.

11.Ding YD, Chang JW, Guo J, Chen D, Li S, Xu Q, Deng XX, Cheng YJ,Chen LL*. Prediction and functional analysis of the sweet orange protein-protein interaction network.BMC Plant Biol.,2014, 14(1): 213.

12.Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F,Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants.Mol Plant,2014, 7(9): 1494-1496.

13.Guo FB, Lin Y,Chen LL*. Recognition of protein-coding genes based on Z-curve algorithms.Current Genomics, 2014, 15:95-103.

14.Xu Q#,Chen LL#, Ruan X#, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis).Nature Genetics, 2013, 45: 59-66.#Co-firstauthors.

15.Jiao WB, Huang D, Xing F, HuY, Deng XX, Xu Q*,Chen LL*. Genome-wide characterization and expression analysis of genetic variants in sweet orange.Plant J., 2013, 75: 954-964.

16.Chen D, Yuan C, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y,Chen LL*, Chen M*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts.Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193.

備注

2018年獲國務院政府特殊津貼

2017年入選中組部萬人計劃“中青年科技創新領軍人才”

2016年入選科技部“中青年科技創新領軍人才”

2016年獲華中農業大學研究生“教書育人獎”

2015年獲湖北省杰出青年基金

2014年獲“華中農業大學第五屆先進女教職工”

2013年入選教育部“新世紀優秀人才支持計劃”

擔任Current Bioinformatics和JAEB編委，多次為國內外知名刊物審稿